作物工程系是由原作物栽培、耕作及农业气象等教研室合并而成（1993年），现有两个实验室，一个技能实验室，面积151平方米，实验室现有仪器设备99台，价值202万元，制作农作物标本100多盒，可开出实验项目27个，包括验证型、综合型和设计型，涵盖了栽培、耕作、农业生态、农作等多个学科，现有教授4人，副教授5人，讲师2人，实验师1人，共计11人，其中具有博士学位5人，在读博士2人，一人获新疆维吾尔自治区普通高校第五届教学名师，五人分别担任中国耕作制度研究会常务理事、中国棉花学会常务理事、中国作物学会种子专业委员会副主任、新疆农学会常务理事、新疆作物学会常务理事。
本系是永利集团作物栽培学与耕作学的硕士和博士学位授予权的最基本支撑机构，为自治区级作物栽培学与耕作学教学团队。面向农学、环境、经贸、林学、动医等学院相关本科专业开设作物栽培学、农作学、农学概论、农业生态学、农业气象学、农业推广学、作物形态观察、作物生产技能、科技论文写作、专业外语等课程；有关作物学方面的实验教学、实习及科研的任务，不仅保证了本科教学实验的正常进行，而且为硕士、博士生、教师从事高水平研究提供了有利条件。同时面向研究生开设高级作物生理学、作物高产理论与实践、高级农作学等课程。其中作物栽培学为自治区级精品课程，农作学为校级精品课程。“十五”以来已培养研究生近百人。
2012年一人获自治区教学成果二等奖、2010年一人分别荣获农业部农牧渔业丰收二等奖和自治区科技进步奖三等奖，2009年一人获自治区第十届自然科学优秀论文二等奖，作物工程系坚持教学与科研相结合，紧密围绕新疆作物生产发展需要，在作物高产优质高效理论与技术、种植制度和区域农业理论与技术等方面积极开展了科学研究，“十一五”以来，承担国家支撑计划、国家自然科学基金、农业部和自治区科研项目近30项，获得千余万元的项目资金，取得了一批国内外公认的研究成果，在《中国农业科学》、《植物营养与肥料学报》、《棉花学报》、《农业工程学报》、《大豆科学》、《生态学报》等学术刊物上发表论文百余篇，奠定了在本领域稳定的学术地位。